Также заметил, что пользователи загружают файлы на русском языке и потом адрес картинки  выглядит следующим образом: /filemanager/i/a01903f1/w_40-h_40/2015-1 8 марта-оргалит-масло-60х34.jpg

на русском языке и с пробелами.

У меня стоит  nginx. Так он ругается на все картинки, так как прямого адреса расположения этих картинок не существует. И приходиться тогда отдавать эту статику через apache, что приводит к лишней нагрузке на сервер.  С этим можно что-либо поделать?

В текущей версии нет такой возможности, но очень напрашивается. Да и вообще, модуль filemanager подлежит запланированной реконструкции.

Касательно адреса файла, то используется вот эта часть "/filemanager/i/a01903f1/w_40-h_40/", а все что после нее модуль не смотрит. Потому, думаю, есть смысл настроить правила обработки url